Auf dem U3S ist von Werk aus schon Windows Vista Ultimate 32bit vorinstalliert und keine Home Premium, wie es bei vielen anderen Herstellern der Fall ist. Vista Ultimate ist die höchste Version aus der Vistaserie und darin sind alle Features integriert, die Vista dem Benutzer zu bieten hat. Die technischen-, grafischen und stromsparenden Funktionen laufen einwandfrei. Asus hat außerdem ein umfangreiches Softwarepaket beigelegt, das Office 2007 (60 Tage Testversion), Power Director, Asus DVD, Medi@Show, Norton Internet Security 2007, Acrobat Reader 7, Nero 7, Instant Fun und viele weitere Asus Produkte enthält. Durch diese Fülle an Software braucht das U3S mit 1m 18s auch lange zum Hochfahren. Falls man mal Vista nach einer Installation von Ubuntu etc. wiederherstellen möchte benutzt man einfach die beigelegte Recovery DVD und die Treiber CD um Vista Ultimate auf dem Subnotebook wieder herzustellen.

Die Installation von Ubuntu geht auf dem U3S innerhalb von 30 Minuten über die Bühne und dann kann man sofort loslegen. Genau wie unter Windows Vista funktionieren alle technischen-, grafischen- und stromsparenden Funktionen und ein großer Pluspunkt von Ubuntu sind die schnellen Bootzeiten. Viele wichtige Programme wie OpenOffice, GIMP oder Firefox sind außerdem bereits vorinstalliert und können sofort genutzt werden. Wer gerne mit Ubuntu arbeitet kann dies auch auf dem U3S und das mit hoher Geschwindigkeit und ohne Probleme.