Für den Betrieb als Office und Büro PC ist Vista Home Basic zu empfehlen. Diese abgespeckte Vista Version ist sehr günstig und verbraucht weniger Ressourcen, da die Vista Aereo Oberfläche und das Windows Media Center nicht integriert sind. Wer auf die 3D-Desktop Effekte von Vista nicht verzichten möchte (3D-Flip usw.) oder den PC als MediaCenter-System verwenden möchte, sollte Vista Home Premium nehmen.

Die Installation des Betriebssystems war problemlos und erfolgte über ein externes USB-DVD-Laufwerk. Mit der mitgelieferten Setup-CD konnten alle Treiber installiert werden. Jedoch sollte Shuttle die Menü Oberfläche optimieren, da die Darstellung mancher Schriftzeichen verwirrend ist bzw. manche Zeichen teilweise kryptisch dargestellt werden. Die CD beinhaltet außerdem Treiber für andere Barebones, was für zusätzliche Verwirrung sorgt. Windows Vista läuft auf dem Shuttle K45 ohne Probleme und man kann flüssig und flott damit arbeiten. Auch die Ladezeiten und Stabilität gängiger Office- und Internetanwendungen ist sehr gut, selbst mit einem Celeron Dual-Core Prozessor.

Ubuntu Linux konnte - im Gegensatz zu Windows Vista - nicht vom externen USB Laufwerk gebootet werden. Über ein Standard IDE oder S-ATA Laufwerk war die Installation erfolgreich, und nach dem ersten Start funktionierten Grafik, Netzwerk und Audio problemlos. Bei der Verwendung des Intel Celeron Dual-Core Prozessors arbeitet interessanterweise der StandBy Modus einwandfrei, beim Core 2 Duo hingegen wollte das System nicht mehr korrekt aufwachen und quittierte den Betrieb mit einem flackerndes Bild, erst nach einem Neustart lief Ubuntu wieder reibungslos. Wie wir herausgefunden haben, scheint dies ein bekannter Bug im Linuxkernel zu sein, der bei Verwendung von Core 2 Duo Prozessoren auftreten kann. Leider lassen sich auch keine 3D Effekte in Ubuntu einschalten. Insgesamt hinterlässt Ubuntu - bis auf die genannten Fehler - in Kombination mit dem Shuttle KPC K45 einen recht guten Eindruck, startet schnell und ist flott im Betrieb.